Ο πρώτος χειρισμός του ελαιοκάρπου στο ελαιουργείο είναι η προσωρινή αποθήκευση και τοποθέτηση των σακιών σε μικρές στοίβες πάνω σε παλέτες. Η ενέργεια αυτή αποβλέπει όχι μόνο στην διευκόλυνση της μετακίνησης αλλά και στον αερισμό του ελαιοκάρπου και την αποφυγή ζυμώσεων. Οι σοροί που γίνονταν παλαιότερα και εξακολουθούν να γίνονται ακόμη και σήμερα σε διάφορα κράτη αποδείχθηκαν μετά από τα πειράματα του Ινστιτούτου επιζήμιοι για την ποιότητα. Ο ελαιόκαρπος στην θέση αυτή παραμένει μία το πολύ δύο μέρες μέχρις ότου προχωρήσει για επεξεργασία.

Η έναρξη της επεξεργασίας αρχίζει με το πέρασμα του καρπού από ειδικά μηχανήματα για καθάρισμα από τα φύλλα και πλύσιμο

Το καθάρισμα από τα φύλλα γίνεται με αυτόματο αποφυλλωτήριο. Η φροντίδα αυτή είναι απαραίτητη γιατί μια μεγάλη ποσότητα φύλλων όταν αλεστεί μαζί με τον ελαιόκαρπο προσδίδει στο ελαιόλαδο πικρή γεύση και αρκετή χλωροφύλλη (πράσινο χρώμα) η οποία δεν βοηθά στη διατήρηση της ποιότητάς του.

Ακολουθεί το πλύσιμο με το οποίο απομακρύνονται οι ξένες ύλες (χώμα, σκόνη) που περιέχονται στον ελαιόκαρπο.

Η άλεση του καρπού δηλαδή ο τεμαχισμός του σε μικρά - μικρά τεμαχίδια που σχηματίζουν την γνωστή ελαιοζύμη, αποτελεί μια σημαντική φάση έκθλιψης.

Το σπάσιμο του καρπού μέχρι πριν μερικά χρόνια γινόταν με ελαιόμυλους που με 3 ή 4 πέτρες διαφόρου διαμέτρου.

Τα τελευταία χρόνια το σπάσιμο (άλεση) γίνεται με μεταλλικούς σπαστήρες που περιστρέφουν τον καρπό με μεγάλη ταχύτητα μέσα σ' ένα διάτρητο τύμπανο. Κατά την άλεση προσοχή απαιτείται ώστε η θερμοκρασία της πάστας να μην ανέβει πάρα πολύ και ο θρυμματισμός του καρπού να μην είναι υπερβολικός γιατί τότε μπορεί να γίνει αιτία για πικρή γεύση στο ελαιόλαδο.

Η μάλαξη της πάστας γίνεται σε ειδικούς μαλακτήρες στρογγυλούς ή επιμήκεις. Σημασία έχει τα τοιχώματα τους να είναι ανοξείδωτα και η θερμοκρασία της πάστας αυτής να μην υπερβαίνει τους 30ο C. Η μάλαξη πρέπει να διαρκεί περίπου 30΄ - 45΄ .

Η εξαγωγή του ελαιολάδου από την ελαιοζύμη που μπορεί να γίνει με πίεση ή φυγοκέντρηση.

Η πίεση υπήρξε ο τρόπος που χρησιμοποιήθηκε από τα πανάρχαια χρόνια μέχρι πρόσφατα. Η τεχνολογία των πιεστηρίων πέρασε πολλά στάδια. Από τα ξύλινα χειροκίνητα πιεστήρια της Ρωμαϊκής περιόδου πέρασε στα μεταλλικά, υδραυλικά αυτόματα πιεστήρια που ήταν ο βασικός τρόπος παραλαβής του λαδιού μέχρι πριν 10 χρόνια. Σαν μέθοδος η πίεση έχει υψηλό κόστος εργασίας και μειονεκτεί γιατί λόγω των ελαιοσφυρίδων που χρησιμοποιεί δεν μπορεί να αποτρέψει την παραμονή μικρών τεμαχίων πάστας από την μια παρτίδα στην άλλη που συντελούν στην αύξηση της οξύτητας.

Η φυγοκεντρική αποτελεί την μέθοδο που έχει επικρατήσει τελευταια και κυριαρχεί κατά ποσοστό πανω από 99% στο νησί. Η μέθοδος αυτή χρησιμοποιεί ειδικούς οριζόντιους διαχωριστήρες (Decanters) τα οποία εξασφαλίζουν συνθήκες αυτοματισμού και υψηλής καθαριότητας. Τα Decanters αυτά διακρίνονται σε Decanters 3 Φάσεων που μετατρέπουν την πάστα σε τρεις φάσεις λάδι, υγρά απόβλητα (κατσίγαρο) και στερεά απόβλητα (πυρήνα) με υγρασία 45% περιπου.. Μειονέκτημα των Decanters αυτών είναι η παραγωγή μεγάλου όγκου αποβλήτων (1:1 σε σχέση με τον καρπό).

Τελευταία χρησιμοποιούνται Decanters 2 Φάσεων που μετατρέπουν την πάστα σε δυο φάσεις , λάδι και στερεά απόβλητα (πυρήνα) που βέβαια έχει το μειονέκτημα ότι είναι πολύ υγρή (65% υγρασία) και δύσκολα επεξεργάζεται στα πυρηνελαιουργεία για εξαγωγή πυρηνελαίου. Ωστόσο πλεονεκτούν γιατί παράγουν περιορισμένη ποσότητα υγρών αποβλήτων (0,2:1) σε σχέση με τον καρπό). Τελευταία γίνεται προσπαθεια να εισαχθούν άλλοι τύποι ενδιάμεσοι που παράγουν ελαιοπυρήνα με μια περιεκτικότητα σε υγρασία ενδιάμεση

Ο διαχωρισμός και ο καθαρισμός του ελαιολάδου γίνεται με ειδικούς κατακόρυφους μηχανικούς διαχωριστήρες που απαλλάσσουν το λάδι από το νερό και τις άλλες ξένες ύλες διαυγάζουν το λάδι.

Συντήρηση-Αποθήκευση

Το φυσικό και ποιοτικώς καλό παρθένο ελαιόλαδο αν διατηρηθεί στις ίδιες φυσικές συνθήκες που έχει όταν βρίσκεται μέσα στον υγιή καρπό διατηρείται αναλλοίωτο για μακρό χρόνο.

Το ελαιόλαδο υποβαθμίζεται όταν δέχεται την επίδραση του φωτός, του οξυγόνου και των υψηλών θερμοκρασιών. Γι' αυτό θα πρέπει να διατηρείται σε μέσα που δεν επιτρέπουν να μπει αέρας και σε χώρους που δεν αναπτύσσονται θερμοκρασίες μεγαλύτερες από 30οC.

Το ελαιόλαδο σε μεγάλες ποσότητες διατηρείται σε μεγάλες ανοξείδωτες δεξαμενές που βρίσκονται μέσα σε κατάλληλα στεγασμένους χώρους ώστε να προστατεύονται από τις υψηλές θερμοκρασίες. Στις δεξαμενές αυτές παραμένει κάποιο χρόνο για να αυτοκαθαριστεί και να διαυγαστεί με φυσική καθίζηση.

Η διακίνηση του ελαιολάδου στο λιανικό εμπόριο και η διατήρηση στα σπίτια των καταναλωτών πρέπει να γίνεται σε μέσα που δεν επιτρέπουν να εισχωρήσει φως και αέρας. Γυάλινες φιάλες με σκοτεινό χρώμα ή ανοξείδωτα μεταλλικά δοχεία θεωρούνται τα καλύτερα. Οι διαφανείς πλαστικές η και γυάλινες φιάλες πρεπει να αποφεύγονται και όταν χρησιμοποιούνται πρεπει να τοποθετούνται μέσα σε χαρτοκιβώτια. Η τοποθέτηση και παραμονή για κάποιες μέρες του ελαιολάδου σε διαφανή γυάλινα δοχεία σε εστιατόρια η και σπίτια μπορεί να αλλοιώσει τα χαραχτηριστικά του και γι αυτό πρέπει ν αποφεύγεται.